睑板腺囊肿的治疗方法需根据具体情况而定，一般较小的睑板腺囊肿有自行吸收的可能，若长时间不消退或较大则可能需要干预。
小囊肿的观察与等待
较小的睑板腺囊肿有可能自行吸收消退，患者可以先观察，一般观察1 - 3个月左右，如果囊肿没有变化或者自行吸收了，那就达到了治疗目的。在观察期间，要注意保持眼部清洁，避免用手揉眼睛，防止囊肿情况加重。
物理治疗方法
热敷：
温度与时间： 可以用40 - 45℃的温热毛巾或热敷眼罩进行热敷，每次热敷10 - 15分钟，每天热敷3 - 4次。通过热敷能够促进眼部血液循环，有助于睑板腺囊肿的吸收。
按摩：
操作方式： 洗净双手后，轻轻按摩囊肿部位，方向可以从眼睑边缘向眼球方向轻柔按摩，每次按摩3 - 5分钟，每天按摩2 - 3次。不过按摩时要注意力度适中，避免过度用力损伤眼部组织。
手术治疗情况
适合手术的情况：
当睑板腺囊肿较大，影响视力或者眼部外观，或者经过3 - 6个月保守治疗仍不消退时，就需要考虑手术治疗。一般儿童如果睑板腺囊肿较大，影响眼睛发育等情况，也会较早考虑手术。
手术过程：
手术一般是在局部麻醉下进行，医生会切开眼睑，将囊肿内容物刮除干净。术后要注意眼部护理，按照医生要求使用抗生素眼药水预防感染，一般术后1周左右伤口基本愈合。但要注意术后恢复期间避免眼部进水，防止感染。