肺脓肿的治疗通常需要综合多种方法，一般来说，抗感染治疗是关键。常用的抗生素有青霉素类等，比如青霉素，对大多数厌氧菌有良好抗菌作用，但用药前需做皮试。
抗感染治疗
抗生素选择： 根据病原菌类型选择合适抗生素。如果是厌氧菌感染，可选用克林霉素等；若为需氧菌感染，可能会用到头孢菌素类药物。用药疗程： 一般抗感染治疗疗程较长，可能需要数周甚至数月，通常要持续到体温正常、症状消失、肺部阴影基本吸收为止，可能需要4 - 8周左右。
痰液引流
体位引流： 对于病情稳定的患者，可以采用体位引流的方法促进痰液排出。比如病变在肺上叶，可采取坐位或半坐位；病变在肺下叶背段，可采用俯卧位，抬高床脚进行引流，每天可进行2 - 3次，每次15 - 20分钟。机械引流： 当患者自身痰液引流不畅时，可通过纤维支气管镜进行吸痰，帮助清除痰液，保持呼吸道通畅。
支持治疗
营养支持： 肺脓肿患者由于疾病消耗，需要保证充足的营养摄入。应给予高蛋白、高热量、富含维生素的饮食，保证每天摄入足够的能量，一般成年人每天需要摄入热量2000 - 2500千卡左右，以增强机体抵抗力，促进疾病恢复。对症治疗： 对于发热患者，可根据体温情况进行退热治疗，如体温超过38.5℃，可选用对乙酰氨基酚等退热药物；对于咳嗽明显的患者，可适当使用止咳药物缓解症状，但要注意避免过度镇咳导致痰液滞留。
手术治疗
手术指征： 少数患者经过积极内科治疗无效，病程超过3个月，且有厚壁空洞、大咯血等情况时，可考虑手术治疗。比如经过严格抗感染等治疗后，肺脓肿仍反复感染、咯血，影响生活质量的患者。手术方式： 手术方式包括肺叶切除术等，医生会根据患者的具体病情选择合适的手术方式。但手术有一定风险，如出血、感染等并发症的可能。