半夜醒来头疼可能由植物神经功能紊乱、偏头痛、颈椎病等引起。具体如下：
一、植物神经功能紊乱：
1.组成：植物神经由副交感神经和交感神经系统构成，可支配平滑肌、心肌、内脏活动与腺体分泌等。
2.症状表现：因植物神经功能紊乱导致交感神经和副交感神经失衡，进而使身体各系统异常，出现半夜醒来头疼。
3.应对措施：可使用调节植物神经功能的药物如谷维素、维生素B1、维生素B12等，同时要注意锻炼身体，参与室外活动，避免过度劳累，合理安排饮食以保持膳食平衡。
二、偏头痛：
1.性质：是常见的慢性神经血管疾病。
2.病因：和遗传因素、环境因素、内分泌因素、饮食因素等有关。
3.症状表现：夜间受内分泌水平或环境因素影响，可能引发偏头痛发作，导致半夜醒来头疼。
4.治疗方法：治疗上可服用布洛芬、双氯芬酸钠、塞来昔布等止痛药，中重度偏头痛可使用麦角类制剂如尼麦角林片、麦角克碱等缓解头疼。
三、颈椎病：
1.引发原因：由颈椎间盘退行性变导致，颈椎软组织失衡会刺激或压迫神经根和脊髓，其发生与遗传因素、环境因素等有关。
2.症状表现：因夜间睡眠姿势不佳，可能致使颈椎病压迫神经，从而出现半夜醒来头疼。
3.治疗手段：需给予非甾体抗炎药如吲哚美辛、美洛昔康、阿司匹林等镇痛，也可使用激素如地塞米松、氢化可的松、泼尼松等缓解炎症水肿，若症状严重则需进行髓核摘除术。
总之，半夜醒来头疼可能是多种疾病导致的，应根据具体病因采取相应的治疗措施。