3个月小宝贝低烧的原因可能包括受凉或感冒、病毒感染、细菌感染等。对此可先积极采取物理降温，若无效则需及时就医，依据病因进行干预处理。
一、受凉或感冒：受凉或感冒可能引发肠胃不适，从而导致低烧。因3个月小宝贝肝肾功能尚未发育成熟，应尽量避免使用退热药，可进行物理降温。首先给宝宝多喝水，必要时还能实施温水浴、用温水擦拭身体等物理降温方式，这有助于退热。若体温持续升高至超过38.5度-39度，则可在医生指导下应用对乙酰氨基酚进行退热治疗。
二、病毒感染：3个月小宝贝低烧部分可能与病毒感染有关。若全身感染中毒症状较轻且考虑为流感病毒感染，可在医生指导下给予抗病毒药物，如阿昔洛韦等。但大部分病毒感染并无特效抗病毒药物，主要以对症治疗为主。
三、细菌感染：3个月小宝贝发生细菌感染时，容易出现脓毒症、细菌性脑膜炎等情况，可能引起低烧。这种情况下建议及时住院治疗，在医生指导下可静脉使用抗生素进行治疗，如头孢噻肟钠注射液、头孢曲松钠注射液等。
总之，3个月小宝贝出现低烧时，要明确原因，根据具体情况选择合适的处理方法。