男性阴茎短小，通常需依据具体病因来治疗。
一、生理因素。阴茎长度存在一定遗传性，若患者家长阴茎短小，就可能导致患者阴茎短小，此为正常现象。患者可通过手术来治疗，常见手术为阴茎延长手术。具体来说，阴茎延长手术是通过适当切断阴茎悬韧带，使阴茎延长，从而改善阴茎短小的状况。
二、包皮过长。这会使患者出现阴茎短小，主要因为包皮过长致使阴茎缺乏生长空间，影响了阴茎发育。患者可通过手术治疗，常见的有包皮环扎术。比如，在包皮环扎术中，通过用环扎器或结扎线等方法处理过长的包皮，从而解决因包皮过长导致的阴茎短小问题。
三、隐匿性阴茎。患者过于肥胖时会引发隐匿性阴茎，导致阴茎海绵体及尿道海绵体发育受影响，进而出现阴茎短小。患者可采用手术方式缓解，例如激光的环切手术。具体而言，激光环切手术利用激光技术精确地切除多余的包皮组织，为阴茎的正常发育创造条件。
此外，患者患病期间饮食应尽量以清淡、易消化为主，多吃新鲜蔬菜和水果，避免食用辛辣、刺激性食物。
总之，对于男性阴茎短小的情况，要明确具体病因，然后采取针对性的治疗措施，同时注意患病期间的饮食调整。