肾结石引起的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是关键因素。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成肾结石。一般来说，尿液中钙的排泄量长期处于较高水平，像一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的人，甲状旁腺激素分泌异常，会导致血钙升高，进而使尿钙排出增多，增加肾结石形成风险。
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石核心。例如，草酸摄入过多会使尿草酸排泄增加，像日常大量食用菠菜、苋菜等富含草酸的蔬菜，就可能导致尿草酸水平升高。正常情况下，人体尿酸的生成和排泄处于平衡状态，但如果尿酸生成过多或者排泄减少，血尿酸升高，尿尿酸排泄也会增多，久而久之就容易形成尿酸结石。尿量过少： 人体每天需要保证足够的尿量来稀释尿液中的成石物质。如果每天饮水量少于1500毫升，尿液就会浓缩，使得尿液中各种成石物质的浓度相对升高，增加肾结石形成几率。比如一些工作繁忙常忘记喝水的人，就容易出现这种情况。
局部因素方面
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、畸形等情况时，尿液排出不畅，尿液中的晶体物质就容易在局部沉积，逐渐形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄的患者，尿液从肾脏排出到输尿管的过程受阻，尿液滞留，就为肾结石的形成创造了条件。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，进而促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。而且感染还会引起尿路黏膜的炎症反应，进一步影响尿液的正常代谢，加重结石形成。
其他因素方面
饮食与药物： 除了草酸摄入过多，高糖饮食也可能增加肾结石风险，因为高糖会促进尿钙排泄。一些药物也可能导致肾结石，比如氨苯蝶啶、硅酸盐、磺胺类药物等，它们在尿液中浓度过高时容易形成结晶，引发结石。地理环境与种族： 不同地区的地理环境和种族也与肾结石形成有关。比如在热带地区，气候炎热，人体出汗多，尿液浓缩，容易形成结石；某些种族的人群可能存在特定的代谢异常，使得他们患肾结石的几率相对较高。