少精子症可能由多种原因造成。一般来说，约15%的男性不育症与少精子症相关。
一、疾病因素导致
内分泌疾病： 像垂体功能减退症，会影响促性腺激素的分泌，进而影响睾丸的生精功能。例如，垂体瘤患者可能出现激素分泌异常，导致精子生成减少。甲状腺功能亢进或减退也会干扰内分泌平衡，影响精子的产生。甲状腺功能亢进时，机体代谢紊乱，可能抑制精子的生成过程；甲状腺功能减退则会使体内甲状腺激素水平降低，影响生精相关的内分泌调节。感染因素： 附睾、输精管、精囊和前列腺等部位的炎症都可能影响精子的生成和活力。附睾炎较为常见，细菌感染附睾后，会引起局部炎症反应，破坏附睾内的微环境，影响精子的成熟和储存；前列腺炎时，前列腺液的成分发生改变，影响精子的生存和活动。比如，慢性前列腺炎患者，前列腺液中白细胞增多，酸碱度改变，会对精子产生不利影响。
二、遗传因素引起
染色体异常： 常见的如克氏综合征，患者染色体核型为47，XXY。这种情况下，睾丸发育会出现异常，生精功能受到严重影响，导致精子数量明显减少。还有一些其他的染色体结构或数目异常，也可能干扰精子的正常生成过程，影响精子的产生数量和质量。基因缺陷： 某些特定基因的缺陷会导致少精子症。例如，与精子发生相关的基因发生突变，可能影响精子生成的关键环节，如精原细胞的增殖、精母细胞的减数分裂等过程，从而使精子数量减少。
三、精索静脉曲张所致
精索静脉曲张会使睾丸局部温度升高，影响睾丸的生精功能。一般来说，精索静脉曲张患者中，有相当一部分存在少精子症的情况。高温环境会干扰精子生成所需的酶的活性，影响精子的代谢和发育，导致精子数量减少。而且，精索静脉曲张还会造成睾丸组织缺氧，影响营养物质的供应，进一步阻碍精子的生成，使得精液中精子数量低于正常水平。
四、生活方式影响
不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒会增加少精子症的发生风险。香烟中的尼古丁等有害物质会影响睾丸的生精功能，降低精子的数量和活力；酒精会干扰内分泌系统，抑制雄激素的合成，从而影响精子的生成。例如，每天吸烟超过20支的男性，少精子症的发生率明显高于不吸烟的男性；长期大量酗酒的人，精子数量往往会减少。环境因素： 长期接触放射性物质、化学毒物等也可能导致少精子症。比如，长期在放射性环境工作的人员，如从事放射科工作的人员，如果没有做好防护措施，放射性物质会损伤生精细胞，影响精子的生成；长期接触苯、甲醛等化学毒物的人，这些毒物会干扰睾丸的正常生理功能，导致精子数量减少。