怀孕三个月肚子疼的原因包括正常生理反应、急性肠胃炎、先兆流产等。
一、正常生理反应：在怀孕进程中，随着胎儿不断地长大，会对腹部以及宫腔形成一定的刺激，于是就可能有怀孕三个月肚子疼的表现。
二、急性肠胃炎：有些孕妇在怀孕期间倘若不注重个人饮食，进食了辛辣刺激性的食物或者不干净的食物，就可能引发急性肠胃炎，进而出现肚子疼的症状。
三、先兆流产：如果胎儿发育不稳固，发生先兆流产情况，就可能产生较为显著的肚子疼症状，同时往往还会伴有阴道流血等反应。
总之，怀孕三个月肚子疼的原因多样，需要仔细辨别，必要时应及时就医检查和处理。