打了黄体酮仍有褐色分泌物的原因主要是体内孕激素水平可能尚未达到正常范围，从而导致还有褐色分泌物存在。
具体阐述如下：
一、对于这种情况，需要继续进行黄体酮治疗。同时要注意多休息，尽量避免走动，严禁性生活，并且密切观察自身症状。在打了黄体酮一个疗程后，要复查孕酮的数值。如果数值较低，则需考虑继续进行治疗，等数值恢复正常后，可以改为口服进行巩固治疗，这样更为适宜。
1.如果是怀孕初期先兆性流产的女士，一般在打黄体酮注射液后3天及以上，褐色分泌物才会逐渐减少消退。所以打过黄体酮后仍有淡黄色褐色分泌物，首先要考虑是肌肉注射黄体酮的时间不够，其次则要考虑安胎治疗的效果不佳。
2.如果是因为不排卵型的宫血，那么就需要打黄体酮针进行对症治疗的止血，这时就可能是肌肉注射激素的剂量不足，导致止血效果不好。
在饮食方面，要多摄入豆类制品、鸡蛋、牛奶等，同时要避免生冷、辛辣、刺激性食物的摄入。多数情况下通过合理调理后，可以得到有效改善。
总结概况提示：打黄体酮后有褐色分泌物可能是多种原因导致，要根据具体情况采取相应措施，包括继续治疗、观察症状、复查数值等，同时注意饮食调理。