目前并没有某种眼药水能绝对说是治疗飞蚊症最有效的。一般来说，对于生理性飞蚊症，通常不需要特殊用药，而对于病理性飞蚊症，可能会用到碘制剂类药物等，但具体情况需遵医嘱。
生理性飞蚊症的情况
生理性飞蚊症多是由于年龄增长等生理性原因引起，一般对视力影响不大，通常不需要特殊使用眼药水治疗。不过要注意合理用眼，避免过度用眼，一般也无需特殊药物干预，定期观察即可。
病理性飞蚊症相关药物
碘制剂眼药水：
氨碘肽滴眼液：它可以改善眼部血液循环和新陈代谢，促进玻璃体混浊的吸收。不过，对碘过敏的人禁用。使用时要注意，开封一个月后就不宜再用了。卵磷脂络合碘片（虽不是眼药水，但可辅助）：它在体内能分解出碘和卵磷脂，碘可以参与机体的新陈代谢，促进玻璃体混浊的吸收，但对碘过敏者禁用，孕妇和哺乳期妇女要在医生指导下使用。
其他可能情况
如果是由葡萄膜炎等疾病引起的病理性飞蚊症，可能需要同时针对原发病进行治疗，比如使用糖皮质激素等药物，但这就不单纯是眼药水能解决的问题了，往往需要综合治疗。而且不同的病情严重程度以及个体差异，用药情况也不同，不能一概而论说哪种眼药水最有效。同时，在使用任何可能治疗飞蚊症的药物时，都要先咨询医生，因为自行用药可能会带来风险，尤其是一些有基础疾病的患者。