脊索瘤的治疗主要包括手术治疗、放射治疗等方式。手术是治疗脊索瘤的主要手段，完整切除肿瘤是改善预后的关键，一般来说，对于能够完全切除的脊索瘤患者，5年生存率相对较高，但具体情况因个体差异而异。
手术治疗方面
彻底切除肿瘤： 尽量完整切除脊索瘤组织，对于位于颅底、脊柱等部位的肿瘤，手术需要精准操作，最大程度去除肿瘤病灶。但由于脊索瘤常浸润性生长，完全切除有一定难度。部分切除肿瘤： 如果肿瘤位置特殊，无法完全切除，可进行部分切除，以缓解肿瘤对周围组织的压迫等症状，为后续治疗创造条件。
放射治疗方面
常规放射治疗： 利用射线杀灭肿瘤细胞，可作为手术的辅助治疗，降低肿瘤复发风险。一般需要进行一定疗程的放射治疗，每次照射有一定的剂量要求等。质子放射治疗： 相对常规放射治疗，质子放疗对周围正常组织的损伤可能更小，能更精准地针对肿瘤部位进行照射，但费用相对较高，一般一次质子放疗的费用可能在数万元不等，具体因地区和医院等有所差异。
其他治疗辅助手段
支持治疗： 对于术后出现相关并发症等情况，需要进行支持治疗，比如患者术后出现脑脊液漏等情况，要进行相应的对症支持，维持患者的身体机能等。康复治疗： 如果患者因脊索瘤手术等导致神经功能受损等情况，需要进行康复治疗，帮助患者恢复部分神经功能，提高生活质量，康复治疗需要一定的周期，可能持续数周甚至数月。