突然高烧39度不一定是新型冠状病毒感染，可能由多种原因引起。以下是对该问题的分析：
1.感染性疾病：
细菌感染：如肺炎、扁桃体炎、中耳炎等，均可导致发热。
病毒感染：流感、普通感冒、手足口病等也可能引起发热。
其他感染：如泌尿系统感染、胆道感染等也可能出现发热症状。
2.非感染性疾病：
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可出现发热。
恶性肿瘤：某些恶性肿瘤也可能导致发热，如白血病、淋巴瘤等。
药物热：某些药物使用后可能出现发热反应。
其他：如中暑、输血反应、输液反应等也可能导致发热。
3.特殊情况：
体温调节中枢功能失常：如中暑、重度安眠药中毒等，可导致体温调节中枢功能障碍，出现高热。
产热过多或散热减少：如剧烈运动、癫痫持续状态等，可导致产热过多；而汗腺功能障碍、大量失血等可导致散热减少，从而引起发热。
需要注意的是，新型冠状病毒感染可引起发热，但发热并不一定是新型冠状病毒感染。如果出现突然高烧39度，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白、胸部CT等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，应注意休息，多饮水，保持室内空气流通。如果有密切接触史，应注意自我隔离，避免交叉感染。