新生儿心脏病有多种表现。一般来说，部分新生儿可能会出现呼吸急促的情况，据统计，约有1/3的先天性心脏病新生儿会有呼吸频率增快的现象，正常新生儿呼吸频率在40 - 45次/分钟，而患病新生儿可能超过60次/分钟。
外观表现方面
皮肤颜色异常： 有些新生儿会出现皮肤青紫的情况，尤其是口唇、指甲床等部位。这是因为心脏供血供氧不足，导致血液中还原血红蛋白增多引起的。比如完全性大动脉转位的新生儿，出生后不久就可能出现明显的口唇、指端青紫。生长发育迟缓： 患有严重心脏病的新生儿，体重增长往往比较缓慢。由于心脏功能受损，身体得不到充足的营养供应，影响了正常的生长发育，可能比同龄健康新生儿体重轻很多。
循环系统表现
心率异常： 心率可能过快或过慢。正常新生儿心率在120 - 160次/分钟，患有心脏病的新生儿心率可能高于160次/分钟或者低于120次/分钟。例如室间隔缺损较大的新生儿，心率可能会代偿性增快。心脏杂音： 医生听诊时能听到心脏杂音。这是因为心脏结构异常，血液流动产生湍流导致的。不同类型的心脏病杂音特点有所不同，像房间隔缺损的新生儿，可能在胸骨左缘2 - 3肋间听到收缩期杂音。
呼吸系统表现
呼吸困难： 除了呼吸急促外，还可能出现呼吸困难。比如动脉导管未闭合并肺动脉高压的新生儿，会表现出呼吸费力，严重时可能出现三凹征（胸骨上窝、锁骨上窝、肋间隙在吸气时明显凹陷）。反复肺炎： 由于心脏结构异常，肺部血液回流不畅，容易导致肺部淤血，从而使新生儿容易反复发生肺炎。据统计，约有一半左右的先天性心脏病新生儿会反复出现肺部感染的情况。