食道乳头状瘤的治疗主要以手术切除为主，一般通过内镜下切除即可，多数患者经一次手术就能解决问题。
内镜下切除方式
圈套电切术： 对于较小的食道乳头状瘤，可使用圈套器将瘤体套住，通过电切的方式将其切除，操作相对简便，能完整去除病灶。黏膜切除术： 适用于稍大一些但仍局限于黏膜层的乳头状瘤，借助特殊器械将病变黏膜完整切除，能最大程度保留正常食道组织。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要进食温凉、细软的食物，如米粥、软面条等，避免食用辛辣、粗糙、过热的食物，防止刺激食道创面，一般建议术后1~2天以流食为主，之后逐渐过渡到半流食和正常饮食。观察恢复情况： 要密切关注有无胸痛、呕血、黑便等情况，若出现这些症状需及时就医。通常术后1周左右需复查内镜，查看创面恢复状况。
非手术治疗情况
特殊人群不适合手术时： 对于一些年老体弱、合并多种基础疾病无法耐受手术的患者，若瘤体非常小且无明显症状，可定期随访观察，每隔3~6个月复查内镜，监测瘤体变化。但这种情况比较少见，多数还是以手术治疗为主。瘤体很小且无症状： 个别极其微小且患者没有任何不适症状的食道乳头状瘤，经医生评估后可暂时不做立即手术，定期追踪观察其变化，但一般也建议尽早处理以消除潜在风险。