纳氏囊肿大多无需特殊治疗，一般人群中约有半数会存在宫颈纳氏囊肿，它通常是宫颈的生理性变化。但如果伴有一些不适症状或合并其他宫颈病变时则需要治疗。
无需治疗的情况
宫颈纳氏囊肿是宫颈腺管口被阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成的囊肿。大部分情况下，它没有明显症状，也不会对身体造成危害，所以不需要进行治疗，定期做好妇科检查就行，比如每年进行一次宫颈细胞学检查（TCT）和人乳头瘤病毒（HPV）检测，观察囊肿变化情况。
药物治疗的情况
如果纳氏囊肿是因合并炎症引起，可能会有白带增多等表现，此时可能会用到一些抗炎药物。比如存在细菌感染时，可能会使用抗生素类药物，像头孢类抗生素等，但药物治疗对纳氏囊肿本身的作用有限，主要是控制炎症相关症状。不过药物使用需要在医生指导下进行，不能自行随意用药。
物理治疗的情况
当纳氏囊肿较大或伴有明显症状时，可采用物理治疗方法。常见的有激光治疗，利用激光的热能作用，使囊肿组织碳化、脱落，从而达到治疗目的；还有冷冻治疗，通过低温使囊肿组织坏死、脱落。一般来说，物理治疗后要注意保持外阴清洁，避免感染，在创面愈合期间（通常需要1 - 2个月）要避免性生活、盆浴和阴道冲洗等。
手术治疗的情况
极少数情况下，纳氏囊肿可能需要手术治疗，比如囊肿巨大，或者怀疑有恶变等情况。手术方式有囊肿切除术等，但这种情况相对比较少见。术后要注意休息，遵循医生的术后康复指导，定期复查伤口恢复情况等。