前列腺活检穿刺术是诊断前列腺癌的重要方法，但也可能存在一些危害。一般来说，其严重危害发生的概率相对较低，约在1%~2%左右，但仍需关注。
出血风险方面
术后血尿： 多数患者会出现不同程度的术后血尿，一般1~2天内可自行缓解。但少数患者血尿可能持续时间较长，若血尿明显加重，如排尿时出现较大血块等情况，就需要及时处理。直肠出血： 经直肠途径进行前列腺活检时，有可能发生直肠出血，发生率相对较低，一般在0.5%以下。通常出血量较少，多可自行停止，但也有少数情况需要进行止血处理。
感染风险方面
尿路感染： 活检后可能引发尿路感染，表现为尿频、尿急、尿痛等症状。发生概率大约在5%左右，若本身存在泌尿系统基础疾病的患者，发生感染的风险可能会有所升高。前列腺炎： 术后有引发前列腺炎的可能，一般发生率在1%左右。患者可能会出现发热、会阴部疼痛等不适症状。
其他潜在风险方面
疼痛不适： 活检后患者会有局部疼痛不适的感觉，多数人在1~2周内逐渐缓解。但也有少数患者疼痛持续时间较长，可能会影响日常生活。对身体心理的影响： 部分患者可能会因为担心活检结果等因素产生心理压力，出现焦虑等情绪。虽然这不属于身体上的直接危害，但也会对患者的生活质量产生一定影响。不过这种心理影响通常在明确活检结果后，根据结果进行相应处理能得到一定缓解。