肠镜可以检查多种肠道疾病。一般来说，肠镜检查能发现肠道内约80% - 90%的病变。
一、肠道炎症性疾病
溃疡性结肠炎： 肠镜下可见肠黏膜充血、水肿、糜烂及溃疡形成，病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布。通过肠镜还能取病理组织进行活检，以明确炎症的程度和性质。克罗恩病： 肠镜下可见肠黏膜呈节段性、非对称性的炎症，有纵行溃疡、鹅卵石样改变等特征性表现，病变可累及肠道全层。
二、肠道息肉
腺瘤性息肉： 这是一种常见的肠道息肉，肠镜下表现为单个或多个隆起的黏膜病变，表面可光滑或呈分叶状。腺瘤性息肉有一定的癌变倾向，通过肠镜可以直接进行摘除等处理。炎性息肉： 多由肠道炎症刺激引起，肠镜下可见息肉与周围黏膜炎症表现相关，一般体积较小，形态相对较规则。
三、肠道肿瘤
结肠癌： 肠镜下可见肠腔内肿块、溃疡或狭窄等病变，肿块表面多不光滑，易出血。通过肠镜取病理可明确肿瘤的病理类型，有助于制定治疗方案。直肠癌： 肠镜下能清晰观察直肠部位的病变情况，如肿瘤的大小、位置、形态等，也是诊断直肠癌的重要手段，同时可进行活检确诊。
四、肠道出血原因排查
不明原因的便血： 当出现原因不明的便血时，肠镜检查可以直接观察肠道内是否有出血病灶，如溃疡、血管畸形等，从而明确出血原因，为进一步治疗提供依据。慢性隐性出血： 对于长期存在慢性隐性出血但原因不明的情况，肠镜检查能够细致地排查肠道内可能存在的微小病变导致的出血。