白塞氏病的发病机制目前尚未完全明确，一般认为与遗传因素、感染因素和免疫异常等多方面有关。有研究显示，白塞氏病具有一定的遗传易感性，携带某些人类白细胞抗原（HLA）基因的人群患病风险相对较高，比如HLA-B51基因与白塞氏病的相关性较为密切。
遗传因素相关
基因携带情况： 研究发现，白塞氏病患者中HLA-B51基因的携带率明显高于健康人群。例如，在某些白塞氏病高发地区，HLA-B51基因阳性的人群患白塞氏病的概率比阴性人群高很多。不过，并非携带该基因就一定会发病，只是增加了患病的可能性。
感染因素影响
细菌感染关联： 有证据表明，某些细菌感染可能与白塞氏病的发病有关。比如，链球菌、结核杆菌等感染可能会触发人体的免疫反应，进而导致白塞氏病的发生。当人体感染了这些细菌后，免疫系统会错误地将自身组织当成外来病原体进行攻击，从而引发血管炎等一系列病理改变，最终出现白塞氏病的各种症状。病毒感染关联： 一些病毒感染也被怀疑与白塞氏病发病相关。例如，单纯疱疹病毒、丙型肝炎病毒等感染可能通过激活人体的免疫细胞，导致免疫系统失调，诱发白塞氏病。
免疫异常方面
免疫系统失调： 白塞氏病患者存在明显的免疫异常。患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能出现紊乱，导致自身抗体产生增多。例如，患者体内可能会出现抗内皮细胞抗体等自身抗体，这些抗体攻击血管内皮细胞，引起血管炎症，使得血管壁通透性增加，出现红肿、疼痛等症状，进而表现出白塞氏病的口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等多种临床表现。同时，免疫系统的细胞因子网络也发生异常，各种炎症因子大量释放，进一步加重炎症反应，促进白塞氏病病情的发展。