奥硝唑氯化钠在使用过程中可能会出现一些副作用。一般来说，其常见的副作用发生率约为3% - 10%左右。
胃肠道方面的副作用
恶心： 部分患者使用奥硝唑氯化钠后会出现恶心的感觉，一般程度较轻，但也有少数人反应较为明显。呕吐： 有的患者可能会伴随呕吐症状，这可能会影响患者的进食情况。比如一些患者在用药后几小时内就可能出现恶心呕吐，严重时可能需要采取相应措施来缓解。
神经系统的副作用
头晕： 使用该药物后，约有2% - 5%的患者会出现头晕症状，表现为头部昏沉感，可能会影响日常的活动和工作。头痛： 也有患者会出现头痛，头痛程度因人而异，有的是轻微胀痛，有的可能相对较剧烈。例如有些患者用药后会感觉头部持续隐隐作痛，影响精神状态。
血液系统的副作用
白细胞减少： 少数情况下，奥硝唑氯化钠可能会引起白细胞减少，虽然发生率较低，约在1%以下，但也需要引起重视。医生在用药过程中可能会监测血常规来关注白细胞情况。血小板减少： 极个别患者可能出现血小板减少的情况，这可能会导致患者出现皮肤瘀斑、牙龈出血等倾向，但相对较为罕见。
其他方面的副作用
局部反应： 静脉滴注部位可能出现疼痛、红肿等局部反应，一般发生率较低。如果出现局部严重的红肿疼痛，应及时告知医护人员。过敏反应： 虽然过敏反应相对少见，但也有发生的可能，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状，一旦出现过敏症状需立即停药并进行相应治疗。