射精时尿道灼烧疼痛可能是精囊炎、慢性前列腺炎等疾病导致，患者应尽快前往医院确诊以便对症治疗。
一、精囊炎
精囊炎患者常常会有射精痛、尿道灼烧感、尿痛等不适症状。其常见病因主要是大肠埃希菌、克雷伯产气杆菌等致病菌的感染。治疗上，患者可在医生指导下应用头孢呋辛、左氧氟沙星等抗生素，且必须严格按照医嘱来使用药物的用法用量。在日常生活中，要注意个人卫生，保持清淡饮食，避免烟酒，正确看待自身疾病，积极配合治疗。
二、慢性前列腺炎
慢性前列腺炎患者会出现泌尿系统症状以及性功能障碍等表现，如射精痛、尿痛、尿道灼热等，主要病原体有葡萄球菌、大肠埃希菌等。患者可在医生指导下使用阿奇霉素、多西环素等抗菌药物，同样需遵循医嘱使用药物的用法用量。如果情况没有改善或者加重，应当立即就医。同时，在生活中要养成多喝水、清淡饮食的良好习惯，加强体育锻炼以增强机体免疫力，保持心情舒畅，积极配合治疗。
总之，当出现射精时尿道灼烧疼痛时，应高度重视，及时就医明确原因，并根据具体疾病进行针对性的治疗和科学的生活管理。