治疗结直肠炎需依据不同炎症类型采取不同对策。
一、结核分枝杆菌感染：
患者通常伴有低热、盗汗、消瘦、乏力等结核中毒症状。治疗上一般建议选用3至4种抗结核药物联合应用，以取得较好效果，常用的药物包括利福平、吡嗪酰胺、异烟肼等。
二、细菌感染：
患者往往会有显著腹泻，且伴有里急后重等表现，通过大便常规检查可明确诊断。一般建议选取敏感的抗生素进行对症治疗，常用的药物有头孢他定、头孢克肟、氧氟沙星等。
三、病毒感染：
其症状与细菌感染有明显差异，血常规提示淋巴细胞增多可明确诊断。治疗上建议选用抗病毒药物对症治疗，例如利巴韦林、阿昔洛韦等。
四、自身免疫性肠炎：
主要因自身免疫问题引发肠道炎症，常伴有粘液脓血便。治疗上一般建议选用柳氮磺吡啶类药物，也可选择激素类药物，如甲泼尼龙、泼尼松等，还可选择免疫抑制剂治疗，如甲氨蝶呤、环磷酰胺等。
总之，对于结直肠炎的治疗，需准确辨别炎症类型，从而选取适宜的治疗方法和药物。