口服避孕药可能带来一些危害，比如约3%-10%的女性在服用复方口服避孕药时会出现不规则阴道出血。
对代谢的影响
体重方面：部分女性服用口服避孕药后可能出现体重变化，有的会轻度增加，这可能与水钠潴留等因素有关，但一般增加幅度通常在1-2公斤左右；而少数女性可能体重无明显变化或略有下降。血脂影响：长期服用口服避孕药可能对血脂有一定影响，会使低密度脂蛋白胆固醇（LDL - C）轻度升高，高密度脂蛋白胆固醇（HDL - C）也可能有一定程度的改变，但一般在正常波动范围内，不过有高血脂家族史的女性服用时需更谨慎监测血脂情况。
对心血管系统的潜在影响
血栓风险：服用口服避孕药会增加静脉血栓形成的风险，尤其是有静脉血栓病史、肥胖（体重指数BMI≥30）、长时间制动等情况的女性，发生静脉血栓的相对风险会升高。一般来说，健康女性服用口服避孕药后静脉血栓的发生率约为每年（3-9）/10000例，而存在高危因素时风险会显著增加。血压影响：少数女性服用口服避孕药后可能出现血压轻度升高，对于原本就有高血压倾向或轻度高血压的女性，服用后需密切监测血压变化，若血压升高明显则可能需要调整避孕方式。
对生殖系统的影响
停药后影响：一般来说，停止服用口服避孕药后，生殖系统功能会逐渐恢复正常，月经周期等通常会在3-6个月内恢复到接近原来的状态。但有个别女性可能会出现短暂的月经紊乱情况，不过大多能自行调整。长期服用的争议：目前有研究认为，长期服用口服避孕药是否会对未来的生育能力产生远期影响还存在一定争议，但总体来说，大部分女性在停止服用后生育能力可以恢复，不过为了保险起见，计划怀孕的女性一般建议在停药后3-6个月再受孕。
对其他方面的影响
情绪影响：部分女性服用口服避孕药后可能出现情绪波动，比如抑郁、焦虑等情况，但这种情况相对较少见，发生率大约在1%-5%左右，具体因人而异，有既往精神疾病史的女性在服用时需特别关注情绪变化。胃肠道反应：少数女性在刚开始服用口服避孕药时可能出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状，一般在持续服用一段时间后会逐渐减轻或消失，通常持续时间不超过1-2个月。