巧克力囊肿手术是一种有创治疗技术，患者存在一定风险。一、手术需麻醉，可能引发意外，如麻药过敏等情况。麻醉过程中，任何不可预见的因素都可能导致不良反应的发生。二、术中可能出现大出血，这主要与手术操作及患者自身情况等有关。然而，巧克力囊肿手术在妇科中属于偏小型手术，其技术已相对成熟，出现急性风险的概率较低。尽管存在风险，但患者不应过度担忧和恐惧，也不应因害怕风险而拒绝手术。因为与手术风险相比，手术给身体健康带来的好处往往更多。并且，专业医生会依据患者的病情，细致地评估风险利弊后再决定是否进行手术治疗。
总结：巧克力囊肿手术有风险，但相对较小，且益处可能更大，医生会谨慎评估后决定是否手术。