在月经第三天同房以及曾经有过这种行为可能会对身体造成以下危害：
1.感染：月经期间，子宫内膜脱落形成创面，宫颈口松弛，此时同房容易将细菌带入阴道，引起上行感染，导致盆腔炎、子宫内膜炎等妇科炎症。
2.月经失调：月经期间同房，可能会导致子宫收缩，使经血逆流，引起子宫内膜异位症，从而导致月经失调、痛经等症状。
3.免疫性不孕：如果在月经期间同房，精子可能会刺激机体产生抗精子抗体，导致免疫性不孕。
4.其他：月经期间同房还可能会引起子宫内膜异位症、阴道炎、宫颈炎等妇科疾病，严重时甚至会影响生育。
需要注意的是，每个人的身体状况不同，同房后出现的症状也可能不同。如果出现不适症状，应及时就医，以便早发现、早治疗。同时，为了自身健康，建议在月经期间避免同房。