多发性乳腺囊肿确诊后，需积极配合医生治疗，主要治疗方法包含一般治疗、手术治疗、药物治疗、中医治疗等，具体应遵循医嘱。
一、一般治疗：
1.针对单纯囊肿，通常无需进一步干预，患者要适当进行心理疏导，改变生活习惯，如保持心情愉悦、佩戴松紧适宜的乳罩托起乳房、减少饮食中脂肪的摄取量。
2.针对积乳囊肿，则需要进行局部热敷、理疗、乳房按摩以及使用吸乳器等措施。
二、手术治疗：
分为穿刺疗法和手术切除。穿刺疗法是将囊肿内的囊液抽取出来，以消除囊肿。对于单发囊肿、内部回声不均匀且直径大于1厘米者；或经过多次穿刺，囊肿仍未萎缩者；或囊肿内出现上皮增生，或乳头状瘤，或无法明确乳腺囊肿性质者；穿刺抽取液体为血性者；有继发感染且反复发作者，应考虑进行手术切除，从而彻底清除病灶。
三、药物治疗：
单纯囊肿有时可运用药物治疗，比如雌激素受体阻断剂（他莫昔芬）等。不过药物虽可使囊肿缩小，但无法完全根治，而且长期服用可能会产生不良反应，所以在临床上并不常用。
四、中医治疗：
中医认为乳腺囊肿是由于肝郁气滞、冲任失调导致的，可采用逍遥蒌贝散加减、二仙汤合四物汤加减等进行治疗。此外，还可外敷消瘀止痛软膏，起到活血化瘀、消肿止痛的作用。需要注意的是，中医治疗必须经过专业中医师的辨证，严格按照医嘱接受治疗。
总之，确诊为多发性乳腺囊肿后，应积极配合医生进行治疗，切不可自行用药，以免延误病情或引发不良反应。