龟头炎的治疗需根据具体病因等采取不同方式，一般来说，治疗龟头炎可通过局部治疗、全身治疗等方式，其中局部治疗常用药物有碘伏等。一般通过规范治疗多可取得较好效果。
局部治疗方式
清洁护理： 保持龟头局部清洁卫生很重要，每天可用清水清洗龟头部位，但要注意避免使用刺激性强的清洁剂。比如，每天用温水轻柔清洗，可减少局部细菌等病原体滋生。外用药物： 对于细菌感染引起的龟头炎，可使用碘伏溶液进行局部消毒，碘伏能有效杀灭多种细菌等病原体。如果是念珠菌感染导致的龟头炎，可外用抗真菌药膏，如克霉唑软膏等，抑制念珠菌生长。
全身治疗情况
抗生素应用： 如果龟头炎是由细菌感染且比较严重，可能需要全身应用抗生素。例如，对于革兰阳性菌感染，可选用青霉素类抗生素，但具体使用需根据细菌培养及药敏试验结果来选择合适的抗生素，不过一般会根据经验先选用针对性药物。抗真菌药物： 若龟头炎是念珠菌等真菌感染且病情较顽固，可能需要口服抗真菌药物，如氟康唑等，但需在医生指导下使用，因为这类药物有一定的肝毒性等副作用需要监测。
特殊情况处理
包皮过长或包茎引起： 如果是包皮过长或包茎反复引发龟头炎，在炎症消退后，一般建议行包皮环切术。比如，成年男性包皮过长者，在龟头炎治愈后，通过手术切除过长包皮，可从根源上减少龟头炎的复发。对于小儿存在包茎引发龟头炎的情况，要根据年龄等情况考虑合适的处理时机，一般轻度包茎可先尝试手法分离等，但严重包茎多需手术治疗。