中医认为焦六神曲具有以下功效和临床应用：
一、和胃消食。可用于治疗食积不化，当出现纳差、胃胀、腹痛、呕吐、嗳气、吞酸等症状，以及小儿疳积症时，焦六神曲能发挥良好作用。食积不化主要是由于饮食不节或脾胃运化功能减弱等导致食物不能正常消化，积聚在胃肠。焦六神曲性温味甘，能温和地促进胃肠蠕动，帮助消化食物，缓解因食积引起的各种不适。对于小儿疳积症，焦六神曲能改善小儿脾胃功能，促进营养吸收，改善小儿消瘦、腹胀等表现。
二、健脾养胃。对于脾胃虚弱而出现食欲不振、消化不良、完谷不化、便溏、腹胀等病症，焦六神曲有治疗效果。脾胃为后天之本，当脾胃虚弱时，消化功能会下降。焦六神曲能增强脾胃的运化功能，提高食欲，使食物能更好地被消化吸收，减少完谷不化和便溏的发生，缓解腹胀等症状。
三、健脾止泻。能治疗脾虚泄泻、乏力、四肢不温、妇女带下等病症。脾虚易导致泄泻，焦六神曲通过健脾可改善泄泻情况，同时对因脾虚引起的乏力、四肢不温等也有一定的改善作用。对于妇女带下，也能起到一定的调理作用。
四、还可治疗产后淤血造成的腹痛病症。产后淤血腹痛较为常见，焦六神曲对此有一定的疗效。
总之，焦六神曲在和胃消食、健脾养胃、健脾止泻等方面都有重要作用，对多种病症具有治疗效果。