皮下囊肿的治疗方式需根据具体情况而定，一般较小且无症状的皮下囊肿可先观察，较大或有症状的通常需要手术切除。手术切除是治疗皮下囊肿较有效的方法，多数患者通过手术可治愈，手术费用因地区、医院等因素有所不同，一般在几百元到数千元不等。
观察等待情况
较小且无症状的囊肿：如果皮下囊肿体积非常小，直径通常小于1厘米，而且没有引起疼痛、红肿等不适症状，这种情况下可以选择观察等待。要注意避免频繁用手触摸、挤压囊肿，防止刺激其增大或引发感染。但需要定期观察囊肿的变化情况，比如每隔1 - 3个月到医院让医生进行检查，查看囊肿大小、有无异常变化等。特殊人群的观察：对于儿童身上的皮下囊肿，家长要更加留意，因为儿童皮肤比较娇嫩，囊肿变化可能相对较快。如果是孕妇发现皮下囊肿，由于孕期身体情况特殊，一般先以观察为主，密切关注囊肿有无异常表现，等分娩后再根据情况决定后续治疗。
手术治疗情况
手术适应情况：当皮下囊肿体积较大，直径超过2厘米，或者出现疼痛、红肿、感染等症状，又或者影响到美观、功能时，通常建议手术切除。比如面部的皮下囊肿，即使体积不是特别大，但影响外观时也可考虑手术。手术一般在局部麻醉下进行，手术过程相对简单，通常在30 - 60分钟左右。术后注意事项：手术后要保持伤口清洁干燥，一般术后1 - 2天需要到医院换药，观察伤口愈合情况。术后7 - 10天左右拆线。在恢复期间要避免剧烈运动，防止伤口裂开。饮食上要注意避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免影响伤口愈合，一般术后1个月左右基本可恢复正常生活。
药物辅助情况
感染时的药物使用：如果皮下囊肿出现感染，表现为红肿、疼痛加剧、有脓性分泌物等，可在医生指导下使用抗生素药物，如头孢类抗生素等，来控制感染。但药物治疗只是辅助手段，感染控制后仍建议手术切除囊肿，防止复发。不过要注意，儿童使用抗生素需要谨慎，要根据体重等因素合理用药，避免滥用。特殊药物使用限制：一些激素类药物一般不用于皮下囊肿的常规治疗。对于老年人有皮下囊肿的情况，在使用药物治疗感染等情况时，要考虑老人肝肾功能情况，选择对肝肾功能影响较小的药物，并密切监测肝肾功能指标。