6岁儿童半夜发烧39℃，可采取减少衣物、多喝热水、口服药物等方式处理，以实现降温，若症状未缓解，应及时就医以防出现高热惊厥等风险。治疗时还需注意饮食清淡，避免辛辣油腻食物加重病情。具体如下：
一、减少衣物：当6岁儿童半夜发烧达39℃时，要适度减少衣物。首先需解开领口，适当减少身上所穿衣服，所盖被褥也不可过厚，如此可使热量更易散发出去。
二、多喝热水：发烧期间让儿童多喝热水，热水进入体内通常可补充体液，促进排汗，还能促进排尿，将体内多余热量排出，从而起到辅助降温的作用。
三、口服药物：对于6岁儿童半夜发烧39℃的情况，要尽快给予退烧药物来退烧，可在医生指导下口服布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚颗粒等，以发挥退烧效果。
总之，面对儿童半夜发烧39℃的状况，可通过这些方法来处理，但要密切关注病情变化，必要时及时就医。同时要做好饮食方面的注意事项。