宫颈腺囊肿通常是宫颈的生理性变化，一般无症状时无需特殊治疗。如果伴有炎症等情况，可根据具体病情采取相应措施。
无症状时的处理
宫颈腺囊肿大多是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。当没有任何不适症状时，一般不需要进行特殊治疗，定期进行宫颈筛查即可，比如每年进行一次TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV（人乳头瘤病毒）检测，观察宫颈的情况变化。
伴有炎症时的治疗
药物治疗方面
如果宫颈腺囊肿伴有宫颈炎症，出现白带增多、异味等症状时，可能需要使用药物治疗。例如存在细菌感染引起的炎症，可根据情况使用抗生素类药物，像头孢类抗生素等，但具体用药需由医生根据病情开具，不能自行随意用药。不过药物治疗主要是针对炎症，对于囊肿本身不一定能直接消除囊肿。
物理治疗方面
- 激光治疗：利用激光的热能使囊肿组织碳化、结痂，然后脱落，从而达到治疗目的。一般治疗后要注意保持外阴清洁，避免感染，治疗后1 - 2周可能会有阴道分泌物增多，甚至少量阴道出血，属于正常现象。
- 冷冻治疗：通过液氮的低温作用使囊肿组织坏死、脱落。冷冻治疗后局部可能会出现水肿、水疱等，通常会逐渐恢复。治疗后同样需要注意个人卫生，预防感染。
较大囊肿的处理
如果宫颈腺囊肿较大，或者合并有其他异常情况，可能需要采取手术治疗。例如可以采用宫颈腺囊肿造口术，在囊肿表面切开，引流囊液。手术过程相对简单，术后要注意休息，按照医生的要求进行护理，防止出现感染等并发症。但手术治疗一般是在有明确手术指征的情况下才会采用。