学习过度疲劳主要会引发多种疾病，其中眼部问题较为常见，长期疲劳用眼易导致近视，有调查显示，约70%的青少年近视与长时间学习疲劳用眼有关。
一、眼部疾病
视力下降： 长时间近距离用眼学习，眼睛得不到充分休息，睫状肌持续紧张，会引起视力下降，严重时可能发展为真性近视。干眼症： 学习时眨眼次数减少，泪液分泌不足且蒸发过快，容易引发干眼症，出现眼睛干涩、异物感等症状。
二、颈部肩部疾病
颈椎病： 长期保持不良坐姿学习，颈部肌肉长时间处于紧张状态，颈椎椎间盘容易发生退变，导致颈椎病，出现颈部疼痛、僵硬，甚至上肢麻木等症状。一般青少年患颈椎病的情况也不在少数。肩周炎： 过度疲劳使肩部肌肉劳损，血液循环不畅，可能引发肩周炎，表现为肩部疼痛、活动受限，尤其在手臂上举、外展时明显。
三、神经系统疾病
神经衰弱： 学习过度疲劳会打乱神经系统的正常功能，引发神经衰弱，出现失眠、多梦、记忆力减退、易疲劳等症状，影响学习和生活状态。偏头痛： 大脑长期处于紧张疲劳状态，神经功能紊乱，可能诱发偏头痛，表现为头部一侧或双侧搏动性疼痛，还可能伴有恶心、呕吐等症状。
四、消化系统疾病
胃肠功能紊乱： 学习疲劳会影响植物神经功能，进而干扰胃肠蠕动和消化液分泌，导致胃肠功能紊乱，出现食欲不振、消化不良、腹痛、腹胀等症状。长期的胃肠功能紊乱还可能影响营养吸收，不利于身体健康和学习状态的维持。