怀孕后孕酮低可能是多种原因导致的。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，比如黄体分泌的孕酮不足，就会引起孕酮水平偏低。另外，胚胎发育异常也可能造成孕酮低，据相关研究，约有一定比例的胚胎异常情况会伴随孕酮低的现象。还有，甲状腺功能减退等内分泌疾病也可能影响孕酮的分泌，进而导致孕酮低。
黄体功能方面的因素
黄体发育不全： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不全，就会使得孕酮分泌量减少。正常情况下，黄体应该在排卵后及时形成并发挥作用，但部分女性黄体发育过程出现问题，就会导致孕酮水平偏低。黄体萎缩不全： 正常黄体持续时间有一定规律，一般维持14天左右然后萎缩。但如果黄体萎缩不全，孕酮的分泌就会持续受到影响，导致孕期孕酮水平偏低。
胚胎相关因素
胚胎质量问题： 当胚胎本身存在染色体异常等质量问题时，会影响胎盘的正常功能，而胎盘是分泌孕酮的重要场所之一，所以胚胎质量不佳可能引发孕酮低。例如，染色体数目异常的胚胎，往往伴随孕酮水平偏低的情况。胚胎着床异常： 胚胎着床过程如果不顺利，也可能影响孕酮的分泌。着床异常会导致体内激素调节出现紊乱，进而使得孕酮分泌不足。
内分泌系统因素
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对身体的内分泌调节有着重要作用。如果孕妇患有甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足会影响到整个内分泌系统的平衡，进而影响孕酮的分泌，导致孕酮水平降低。一般通过甲状腺功能检查可以发现甲状腺激素的异常情况。肾上腺功能异常： 肾上腺也参与体内激素的分泌调节，肾上腺功能出现异常时，会干扰到孕酮的正常分泌过程，从而导致孕期孕酮低。比如肾上腺皮质功能亢进或减退等情况，都可能影响孕酮水平。