女性尿路感染主要是细菌等病原体入侵尿路引起的。据统计，女性一生中患尿路感染的概率较高，约50%的女性至少发生过一次。
解剖结构因素
女性尿道短而直：女性的尿道长度相比男性短很多，一般只有3 - 5厘米，而且尿道外口靠近肛门、阴道等部位，细菌更容易从这些地方侵入尿道并上行感染。比如，肛门周围的大肠杆菌等细菌，很容易在女性排尿不及时或局部卫生不佳时，沿着短而直的尿道进入膀胱等泌尿系统部位引发感染。生理结构易存菌：女性的生殖系统结构使得尿道周围容易滋生细菌。阴道内本身存在一些正常菌群，但在一些情况下，比如经期、性生活后等，菌群平衡被打破，就可能导致细菌向尿道迁移引发感染。像经期时，经血是细菌良好的培养基，如果不及时更换卫生巾，就会增加尿路感染的风险。
个人卫生习惯因素
不注意局部清洁：如果女性不经常清洗外阴，尤其是在大便后没有从前往后擦拭，就会把肛门周围的细菌带到尿道附近，增加感染几率。例如，大便中的大肠杆菌等会污染尿道外口，进而引发尿路感染。内裤选择不当：穿着紧身、不透气的内裤，会使外阴局部温度升高、湿度增大，有利于细菌滋生。比如，化纤材质的内裤不吸湿，会让外阴处于潮湿环境，为细菌繁殖创造条件，从而增加尿路感染发生的可能性。
特殊时期因素
妊娠期：怀孕时，女性的输尿管会增粗、蠕动减慢，而且子宫增大可能会压迫输尿管和膀胱，导致尿液排出不畅，尿液在尿路中停留时间延长，容易滋生细菌引发感染。据研究，妊娠期女性尿路感染的发生率比非妊娠期明显增高。更年期：更年期女性体内雌激素水平下降，阴道和尿道黏膜变薄、抵抗力降低，局部的自净能力减弱，容易受到细菌侵袭。比如，雌激素减少会使尿道黏膜萎缩，防御功能下降，更容易发生尿路感染。