甲沟炎已将指甲剪掉但仍肿且痛，原因可能是修剪不当、过度挤压、炎症刺激等。
一、修剪不当：对于患有甲沟炎的情况，如果在剪掉指甲时修剪不恰当，比如没有完全处理好病甲部分，或是在修剪过程中操作不规范，对局部造成了额外刺激，就可能使肿胀、疼痛的症状不但没有减轻，反而持续加重，难以得到有效改善。因此，在修剪指甲时，必须要掌握正确的修剪方法，避免对指甲部位产生不良刺激。
二、过度挤压：甲沟炎患者若不注意选择鞋子，穿了较为夹脚的鞋子，就会导致指甲局部受到挤压，从而出现肿胀、疼痛等不舒服的表现。此时需要及时更换成宽松舒适的鞋子，以防止持续对指甲部位形成挤压。
三、炎症刺激：甲沟炎本身就是因局部受到炎症刺激而引发，如果没有及时进行药物治疗，会使得细菌感染不能得到缓解，还有可能导致病变程度进一步加重。可在医生指导下外用红霉素软膏、盐酸金霉素软膏等药物来缓解症状。
总之，当甲沟炎剪掉指甲后还肿痛时，要考虑可能是上述原因导致，应根据具体情况进行针对性处理，以促进症状的缓解。