男方染色体有问题的应对需根据具体症状来决定。
一、若男方染色体本身在结构、功能或数目上出现异常，像21三体综合征这类情况，会有畸形、智力低下以及生长迟缓等表现。对此目前并无特效治疗手段，主要是给予男方人文关怀、开展长期耐心的教育以及进行康复训练等，以促进其智能发育，让其能掌握一定的生活和工作技能。
二、要是染色体异常引发男性生殖器发育异常，例如隐睾、小睾丸、小阴茎等性征发育问题。此时患者可在医生指导下应用注射用绒促性素、十一酸睾酮等药物进行治疗，必要时还可实施隐睾牵引固定术、睾丸移植术等。
三、当男方染色体异常导致女性难以受孕，或者导致胚胎异常进而出现流产时。可以先让男女双方尝试自然受孕，如果成功受孕，需进一步做羊水穿刺进行基因检测，以排除胎儿的染色体是否存在问题，没问题则可继续孕育，有问题就需终止妊娠。而要是反复试孕都不成功，那么可以采用第三代试管婴儿技术，该技术主要是指在体外受精-胚胎移植前，对胚胎的遗传物质进行分析和诊断是否异常，筛选出健康胚胎进行移植，通过这种方式能尽量筛选出染色体正常的胚胎，从而实现优生优育的目的。
总之，男方染色体有问题的处理方法因具体情况而异，需要根据实际症状和需求采取相应的措施。