鼻窦炎的药物治疗需根据病情选择，一般来说，常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素等。比如急性细菌性鼻窦炎可能需要使用抗生素治疗10天左右。
抗生素类药物
细菌性鼻窦炎常用：如果是细菌感染引起的鼻窦炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林，它能抑制细菌细胞壁合成，起到杀菌作用。不过对青霉素过敏者不能使用。还有头孢菌素类，像头孢克洛，对多种细菌有抗菌活性，使用前需确认无头孢菌素过敏史。
鼻用糖皮质激素
减轻炎症水肿：糠酸莫米松鼻喷雾剂是常见的鼻用糖皮质激素，能减轻鼻黏膜的炎症反应和水肿，一般每天使用1次，每次每侧鼻孔喷1 - 2喷。不过孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎，儿童使用时要在医生指导下，且要注意使用剂量和时间。
黏液促排剂
促进黏液排出：桉柠蒎肠溶软胶囊属于黏液促排剂，能调节鼻 - 鼻窦黏膜功能，促进黏液排出，还能改善纤毛运动，有利于窦口开放和分泌物排出。一般成人一次0.3克，一日3 - 4次；儿童用药需按体重等情况调整，要在医生指导下使用。
抗组胺药
过敏性因素相关：如果鼻窦炎伴有过敏因素，氯雷他定片可使用，它能竞争性阻断组胺H₁受体，缓解过敏引起的鼻塞、流涕等症状。但服用后可能会有乏力、口干等不良反应，司机等需要保持清醒的人群用药时要注意，儿童用药也需遵循医生建议。