病毒性软疣主要通过局部治疗来根治，一般可以采用物理治疗方法。比如冷冻治疗，是利用低温使软疣小体坏死脱落，通常经过1 - 2次冷冻可能就能去除软疣。
物理治疗方法
冷冻治疗： 医生会用液氮等低温物质接触软疣部位，使软疣组织坏死。一般来说，较小的软疣可能一次冷冻就有效果，较大的可能需要多次。操作时要注意冷冻的深度和范围，避免损伤周围正常皮肤。刮除术： 用消毒后的刮匙将软疣小体刮除。操作前要对皮肤进行消毒，刮除时要彻底，把软疣内的核心物质刮干净，之后可能需要涂抹碘伏等进行消毒处理，防止感染。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用一些抗病毒的外用药物，如酞丁安软膏等。酞丁安软膏能抑制病毒的复制，但单独使用效果可能不如物理治疗直接。一般是在物理治疗后配合使用，帮助预防复发和促进皮肤修复。不过对于儿童使用外用药物要谨慎，避免药物接触到眼睛等敏感部位。免疫调节药物： 对于免疫力较低容易复发病毒性软疣的患者，可以考虑使用免疫调节药物，但这类药物使用需要在医生的严格评估下进行，因为免疫调节药物有一定的副作用和禁忌证，不适合随意使用。
日常护理要点
保持皮肤清洁： 患者要注意保持长有软疣部位的皮肤清洁，每天可以用温水清洗，但要避免过度搓洗，防止皮肤破损加重感染。清洗时使用温和的清洁产品，减少对皮肤的刺激。避免搔抓： 要告诫患者不要搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致病毒扩散，使软疣数量增多。如果瘙痒明显，可以在医生指导下使用止痒药物，避免患者不自觉地搔抓。注意个人卫生： 患者的衣物、毛巾等要单独清洗，并且要进行消毒处理，防止病毒传染给他人。比如可以用开水烫洗衣物，或者放在阳光下暴晒等方式进行消毒。