唇腭裂的发生主要与遗传因素和环境因素有关。据统计，约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在明确的遗传因素，比如父母一方有唇腭裂病史，子女患病风险会增加。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有直系或旁系亲属患有唇腭裂，那么胎儿发生唇腭裂的概率会比普通人群高。研究发现，某些特定的基因变异可能与唇腭裂的发生相关，若家族中有唇腭裂患者，备孕夫妻最好进行遗传咨询，了解遗传风险。单基因遗传： 有一些单基因遗传病会伴随唇腭裂的表现，比如Robin序列征等，这类疾病是由于特定的单个基因发生突变导致的，遗传方式有常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传等不同类型。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在怀孕早期（尤其是怀孕3 - 8周）如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒等，会增加胎儿出现唇腭裂的风险。例如，有研究表明，孕妇在孕期感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的几率比未感染的孕妇要高约10倍左右。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。比如，孕期服用抗癫痫药物，像苯妥英钠等，会使胎儿唇腭裂的发生风险升高。孕期接触有害物质： 孕妇长期接触放射性物质、农药等有害物质，也可能影响胎儿面部的正常发育，增加唇腭裂的发生概率。比如长期处于有高浓度农药残留环境中的孕妇，胎儿患唇腭裂的风险会增加。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要的营养素，如叶酸等，也与唇腭裂的发生有关。叶酸对于胎儿面部发育起着重要作用，孕期叶酸缺乏会干扰胚胎的正常发育过程，从而增加唇腭裂的发生风险。