功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮，能促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状；还有抑酸剂，像质子泵抑制剂奥美拉唑，可抑制胃酸分泌，缓解反酸、烧心等不适；另外，消化酶制剂如米曲菌胰酶片，能补充消化酶，帮助消化。
促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱等症状为主的患者，通过增强胃肠道运动来改善消化功能。
抑酸剂
对于有反酸、烧心等胃酸相关症状的患者适用，可有效抑制胃酸分泌，减轻不适。
消化酶制剂
当患者存在消化酶分泌不足情况时适用，能补充消化酶，促进食物消化。特殊人群方面，儿童使用需谨慎，应优先考虑非药物干预，如调整饮食等，因为儿童的消化系统发育尚未完全成熟，药物使用可能带来更多潜在风险；老年人使用时要注意药物相互作用等问题，由于老年人常合并多种基础疾病，用药需更加谨慎。