3个月宝宝消化系统功能不完善，若出现消化不良，可采取一般治疗措施如调整喂养方式、腹部按摩、注意保暖等，必要时可进行药物治疗来缓解症状。具体如下：
一、一般治疗：
1.调整喂养方式：喂养要细心，不可过于频繁，建议母乳或奶粉喂养间隔3至5小时一次，以便宝宝充分消化吸收。若是奶粉喂养且奶粉脂肪含量高导致消化不良，可更换奶粉种类。
2.腹部按摩：在医生指导下，用手掌沿顺时针方向按摩宝宝腹部，可促进胃肠蠕动，缓解消化不良症状，按摩时需注意防止着凉。
3.注意保暖：腹部受凉会引发消化不良，所以要做好腹部保暖，适量喂些温白开水，调节胃肠道蠕动，改善消化不良。
二、药物治疗：
1.补充益生菌：肠道益生菌能调节肠道菌群分布，促进胃肠蠕动，与消化液相互作用可增强宝宝消化功能。可遵医嘱服用肠道益生菌，如枯草杆菌二联活菌颗粒、乳酸菌素颗粒等以缓解消化不良。
2.其他药物治疗：若消化不良是由肠道疾病（如肺炎、肠梗阻等）或肝脏疾病（如肝炎、肝硬化等）导致，需积极治疗相关疾病。比如肺炎可能影响胃肠道功能致宝宝消化不良，要积极治疗肺炎，可遵医嘱使用头孢克肟颗粒、小儿肺热咳喘颗粒等药物，待原发病好转后消化不良也会改善。
如果以上方法无法缓解3个月宝宝消化不良，或消化不良症状加重，应及时就医以缓解症状。因为长期消化不良不仅影响食欲，还会影响营养吸收，阻碍宝宝正常生长发育。