宝宝拉肚子一直在吃益生菌一般不会有副作用，但长期或过量食用可能会产生一些不良影响。具体包括以下几个方面：
1.影响自身肠道菌群：益生菌是一种有益的细菌，能够帮助宝宝调节肠道菌群平衡。但如果长期食用，可能会导致宝宝自身肠道菌群的失衡，影响宝宝的肠道健康。
2.引起过敏反应：虽然益生菌是一种天然的食品，但也有可能引起过敏反应。如果宝宝对益生菌中的某些成分过敏，可能会出现皮肤瘙痒、腹泻、呕吐等症状。
3.影响药物的效果：益生菌可能会影响某些药物的效果，如抗生素等。如果宝宝正在服用药物，应该在医生的指导下使用益生菌，以免影响药物的疗效。
需要注意的是，每个宝宝的体质和情况都不同，如果宝宝拉肚子的情况持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。同时，在给宝宝食用益生菌时，应该按照说明书上的剂量进行使用，不要自行增减剂量。如果宝宝出现了不适症状，应该及时停止食用，并咨询医生的意见。