三个月婴儿大便稀，有时候黄，有时候绿，可能有以下原因：
1.正常情况：婴儿的肠道功能尚未完全发育，大便的颜色和质地可能会受到多种因素的影响，如饮食、消化情况等。如果婴儿精神状态良好，生长发育正常，大便次数不多，可能是正常的生理现象。
2.消化不良：如果婴儿摄入的食物过多或过少，或者食物中的蛋白质含量过高，都可能导致消化不良，引起大便稀、颜色异常。此外，母亲的饮食也可能影响婴儿的大便，如母亲食用过多的油腻食物、辛辣食物等。
3.乳糖不耐受：有些婴儿可能对乳糖不耐受，摄入乳糖后无法完全消化，导致大便稀、次数多。
4.肠道感染：如果婴儿感染了病毒、细菌或寄生虫等，也可能导致肠道炎症，引起大便稀、颜色异常，并伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛等。
5.过敏：如果婴儿对牛奶蛋白或其他食物过敏，也可能导致肠道过敏反应，引起大便异常。
6.其他：如婴儿肠道菌群失调、胆道闭锁等，也可能导致大便异常。
针对以上情况，可以采取以下措施：
1.观察婴儿的精神状态、食欲、体重增长等情况，如果一切正常，可以继续观察。
2.调整母亲的饮食，避免食用油腻、辛辣、刺激性食物。
3.按照婴儿的需求进行喂养，避免过度喂养或喂养不足。
4.注意婴儿的饮食卫生，避免感染。
5.如果婴儿出现其他异常症状，如发热、呕吐、腹泻等，应及时就医。
6.医生可能会根据具体情况进行一些检查，如大便常规、血常规等，以确定病因，并给予相应的治疗。
需要注意的是，每个婴儿的情况都可能不同，如果对婴儿的大便异常情况有任何疑问，最好咨询医生的意见。