胆管结石的治疗方法需根据病情而定，对于无症状的胆管结石，可定期观察，每6~12个月进行一次腹部超声等检查；而有症状或并发症的胆管结石，多需手术治疗。
手术治疗方式
腹腔镜胆管探查取石术：这是较为常用的微创手术方式，通过在腹部打几个小孔，插入腹腔镜和手术器械，探查胆管并取出结石。这种手术创伤小，恢复相对较快，一般术后1周左右可出院。开腹胆管探查取石术：适用于病情复杂、腹腔镜手术难以完成的情况，如胆管狭窄较严重等。手术切口较大，术后恢复时间相对较长，一般需要10~14天左右才能拆线出院。
内镜治疗方法
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）取石：通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管注入造影剂显示胆管，然后用取石网篮等取出结石。这种方法对于胆总管结石有较好的疗效，术后恢复较快，一般住院3~5天即可。内镜下乳头括约肌切开术（EST）联合取石：在ERCP基础上，切开乳头括约肌，便于取出较大的结石，但术后需要注意预防出血、穿孔等并发症，一般术后需住院观察2~3天。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸：可以抑制胆固醇的合成，增加胆汁中胆固醇的排泄，从而溶解部分胆固醇结石。一般需要长期服用，通常需服用3~6个月甚至更长时间才能看到一定效果，且服药期间要定期复查肝功能等指标。抗生素：当胆管结石伴有胆管炎时，需要使用抗生素抗感染，常用的有头孢菌素类等抗生素，一般根据病情使用5~14天不等，具体用药时间需根据感染控制情况而定。