眼皮上的扁平疣可通过以下方法进行治疗：一、涂抹药物：可局部使用干扰素软膏、咪喹莫特乳膏、酞丁安搽剂等抗病毒药物来涂抹治疗。具体来说，干扰素软膏可抑制病毒的复制，从而有助于扁平疣的消退；咪喹莫特乳膏能刺激局部的免疫反应，对扁平疣发挥作用；酞丁安搽剂则有抗病毒的效果。二、冷冻治疗：若患者药物治疗效果不理想，或是疣体较大且瘙痒感显著，可前往医院进行液氮冷冻治疗。液氮冷冻能使疣体组织迅速冷冻，进而破坏疣体，促使其脱落。三、激光治疗：当扁平疣的疣体较大、瘙痒感明显且导致眼部皮疹增多时，必要情况下可采取激光烧灼治疗，直接将扁平疣的疣体灼烧掉，之后使用抗菌消炎药物处理患处，以防止出现继发性感染。
总之，建议眼睛部位长扁平疣的患者尽快前往医院就诊，明确病情后，依据病情的严重程度选择适宜的治疗方法。在治疗期间要注意避免患处沾水，也不可过度抓挠，以防出现感染。