早上睡醒小腿肌肉酸痛可能由多种原因引起，比如运动相关因素，若前一天进行了大量运动，尤其是无氧运动，像1-2小时的跑步、深蹲等，就容易导致小腿肌肉产生乳酸堆积，从而在早上睡醒时出现酸痛感。
运动相关因素
过度运动后： 前一天进行剧烈运动后，小腿肌肉内会积累乳酸等代谢产物，经过一夜的代谢，早上可能仍未完全清除，就会引发酸痛。一般这种情况经过适当休息和拉伸会逐渐缓解。运动方式不当： 如果运动时姿势不正确，比如跑步时步伐过大、跳绳时跳绳频率不合适等，也可能导致小腿肌肉在睡醒时酸痛。
睡眠姿势影响
长时间压迫： 睡眠时如果长时间保持同一姿势，尤其是小腿部位被压迫，会影响局部血液循环，导致早上睡醒小腿肌肉酸痛。例如长时间蜷腿睡觉，就可能出现这种情况。床铺不合适： 床铺过软或过硬都可能影响睡眠时小腿肌肉的放松，过软的床会使身体下陷，小腿肌肉无法得到良好支撑；过硬的床会增加肌肉的压力，从而在睡醒后出现酸痛。
疾病因素
缺钙： 当人体缺钙时，神经肌肉的兴奋性会增高，容易出现肌肉痉挛，早上睡醒时就可能表现为小腿肌肉酸痛。尤其是中老年人、孕妇等人群容易缺钙，中老年人随着年龄增长钙流失加快，孕妇在孕期对钙的需求增加，如果摄入不足就容易缺钙。下肢血管问题： 如下肢静脉曲张、动脉粥样硬化等血管疾病，会影响小腿的血液循环，导致早上睡醒时肌肉供血不足，出现酸痛。比如下肢静脉曲张患者，静脉回流不畅，容易在晨起时感觉小腿不适。