男性尿路感染常用的药物有抗生素等，一般根据病原体选择合适药物，比如细菌感染引起的尿路感染，常用喹诺酮类药物如左氧氟沙星等，通常用药疗程一般需3~7天左右。
抗生素类药物选择
喹诺酮类药物：左氧氟沙星是比较常用的喹诺酮类药物，对泌尿系统常见的大肠杆菌等有较好的抗菌作用。不过18岁以下青少年一般不建议使用，因为可能影响骨骼发育。头孢类药物：头孢克肟也可用于男性尿路感染，它对多种细菌有抗菌活性。但对头孢过敏的男性不能使用。
对症辅助药物
碱化尿液药物：碳酸氢钠可以碱化尿液，缓解尿路感染引起的尿频、尿急、尿痛等不适症状。不过有严重胃溃疡的男性要慎用，因为可能加重胃部不适。缓解尿路刺激症状药物：黄酮哌酯片能缓解尿路感染导致的膀胱刺激症状，如尿频、尿急、尿痛等。但青光眼患者禁用。
特殊情况用药注意
合并基础疾病男性：如果男性尿路感染患者同时有糖尿病等基础疾病，用药时要更加谨慎。比如使用抗生素时，要考虑药物对血糖等指标的影响，可能需要调整用药方案。因为糖尿病患者抵抗力相对较低，尿路感染容易反复，用药需综合评估。反复发作尿路感染男性：对于反复发作尿路感染的男性，可能需要进一步检查是否有泌尿系统结构异常等问题，在用药上可能需要根据细菌培养及药敏结果选择更有针对性的药物，而且可能需要延长用药疗程或者采取联合用药等方式，但具体要由医生根据实际情况来定。同时，这类男性要注意保持良好的生活习惯，如多喝水、避免久坐等，以减少尿路感染复发的几率。