莫名其妙的发烧可能由多种原因引起。比如感染性因素，像病毒感染较为常见，像流感病毒引起的流感，就可能导致人莫名其妙发烧，一般病程可能持续3 - 7天左右；细菌感染也会引发，如肺炎链球菌引起的肺炎，也会出现发烧情况。非感染性因素也不少见，比如自身免疫性疾病，像系统性红斑狼疮，患者可能会莫名其妙发烧；还有恶性肿瘤，肿瘤组织坏死吸收等情况也可能导致发热。
感染性发热原因
病毒感染： 很多病毒都能引起发热，像常见的鼻病毒，可引发普通感冒，出现发烧、鼻塞、流涕等症状；还有巨细胞病毒感染，也可能导致长时间莫名其妙的低热情况。细菌感染： 例如大肠杆菌引起的泌尿系统感染，除了有尿频、尿急、尿痛等表现外，往往也会伴随发热；结核杆菌引起的结核病，也会有长期低热、盗汗、乏力等表现，属于莫名其妙发烧的常见原因之一。
非感染性发热原因
自身免疫性疾病：类风湿关节炎，这是一种自身免疫介导的炎症性疾病，患者除了关节肿胀、疼痛、畸形外，还常常会出现不明原因的低热，而且病情活动时发热可能更明显；皮肌炎，除了有皮肤损害如皮疹外，也会有发热症状，多为低热或中度发热。恶性肿瘤：白血病，白血病细胞增殖浸润，会影响正常造血功能，同时可能伴有发热，这种发热可以是低热，也可能是高热，且容易反复；肝癌，肿瘤组织生长过程中，可能会出现坏死吸收热，导致患者莫名其妙发烧，一般为低热情况。
其他可能因素
环境因素： 如果长时间处于高温环境中，比如在没有空调的高温车间工作，人体散热困难，可能会出现体温轻度升高，表现为莫名其妙的发烧，但一般体温不会太高，脱离高温环境后体温多能恢复正常。药物热： 某些人服用特定药物后可能会出现药物热，比如服用抗生素后，少数人会因为药物过敏反应导致发热，这种发热在停药后多能自行缓解。