低危型HPV感染多数可通过自身免疫力清除，一般不需要特殊治疗，但有少部分可能会引起病变，需要关注。通常80%左右的低危型HPV感染在8-10个月内可自然清除。
自身免疫清除为主
低危型HPV感染后，人体自身的免疫系统是清除病毒的重要力量。一般来说，机体免疫力正常的情况下，不需要额外用药物去专门针对低危型HPV进行治疗，因为人体有能力自行清除大部分低危型HPV病毒。比如健康的年轻人，自身免疫功能较好，很多低危型HPV感染都能靠自身免疫清除。
局部病变的处理方式
如果引起尖锐湿疣：当低危型HPV感染导致尖锐湿疣时，可采用物理治疗。像激光治疗，能直接去除疣体；冷冻治疗也是常用方法，通过低温使疣体坏死脱落。对于一些较小的疣体，还可以使用鬼臼毒素酊等药物，但使用时要注意药物的局部刺激等情况，并且这类药物孕妇禁用。定期监测很重要：即使没有明显病变，也需要定期进行复查。一般建议每3-6个月进行一次HPV检测以及相关的妇科检查（女性如果是宫颈部位低危型HPV感染），观察病毒是否持续存在或者是否出现病变进展。
生活方式的调整
加强锻炼：适当增加体育锻炼可以增强身体的免疫力，比如每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，像快走、慢跑等，有助于提高身体对低危型HPV的清除能力。保持良好作息：要保证充足的睡眠，每天尽量保证7-8小时的高质量睡眠，让身体各器官得到良好的休息，有利于免疫系统正常运作来应对低危型HPV感染。均衡饮食：多吃富含维生素、蛋白质的食物，例如新鲜的蔬菜水果（每天摄入400-500克蔬菜，200-300克水果）、瘦肉、鱼类等，为身体提供充足的营养，促进免疫系统功能。