皮下囊肿的治疗方法需根据具体情况而定，一般较小且无症状的皮下囊肿可先观察，较大或有症状的可能需要手术切除等。
观察等待情况
对于一些较小的皮下囊肿，比如直径在1厘米以内，且没有任何不适症状，如疼痛、红肿、快速增大等情况时，可以选择观察等待。但要注意定期观察囊肿的变化，一般建议每隔1 - 3个月观察一次，观察其大小、形态等有无改变。如果在观察过程中发现囊肿有增大趋势或者出现了相关不适症状，就需要考虑进一步治疗。
手术治疗方式
门诊小手术切除
如果皮下囊肿较大，直径超过1厘米，或者影响美观、产生了压迫症状等，通常会采取手术切除。这种手术一般在门诊就可以进行，手术时间较短，大概10 - 30分钟左右。术后需要注意伤口护理，保持伤口清洁干燥，一般7 - 10天左右可以拆线。术后要避免剧烈运动，防止伤口裂开。
特殊部位囊肿手术注意
对于一些特殊部位的皮下囊肿，比如面部的皮下囊肿，手术时需要更加精细操作，以尽量减少瘢痕形成。在手术前医生会根据囊肿的位置、大小等制定详细的手术方案，确保在切除囊肿的同时最大程度地保证美观。
非手术治疗情况
目前针对皮下囊肿没有特别有效的非手术药物治疗方法。虽然有些药物可能被尝试用于治疗，但一般效果不确切。不建议自行使用药物涂抹等方式来治疗皮下囊肿，因为可能无法达到治疗目的，还可能延误病情或者引起皮肤过敏等不良反应。如果皮下囊肿出现感染等情况，可能会使用抗生素等药物来控制感染，但这只是辅助治疗，最终还是需要考虑手术切除感染控制后的囊肿。