避孕药可能会有一些副作用。比如，短期服用复方短效口服避孕药，约10%的人可能会出现类早孕反应，像恶心、呕吐、头晕等，一般坚持服用几个周期后会逐渐减轻。
月经方面的影响
月经周期改变： 部分人服用避孕药后可能出现月经周期紊乱，有的会使月经提前，有的会推迟。一般提前或推迟不超过7天通常问题不大，但如果超过10天就要引起注意。月经量变化： 可能出现月经量减少，甚至有人会出现闭经情况，但这种情况相对较少见，一旦发生需及时就医评估。
身体其他系统的影响
体重变化： 少数人服用避孕药后可能会出现体重增加，这可能与药物导致水钠潴留或者影响代谢有关，但并不是所有人都会出现，而且个体差异较大。乳房不适： 有些女性服用避孕药后会感觉乳房胀痛，这是因为药物中的激素影响了乳腺组织，一般症状较轻，停药后多可缓解。
心血管系统相关影响
血栓风险： 虽然发生概率较低，但长期服用某些含有雌激素的避孕药可能会增加静脉血栓的风险，尤其是有吸烟习惯、肥胖（体重指数＞30）、有血栓家族史的人群，发生血栓的风险相对更高一些。不过，现在的避孕药雌激素含量已经有所降低，血栓风险也较以往有明显下降。